Сразу же после нападения администрация Буша объявила о начале «Войны с терроризмом», в качестве целей которой заявлялась поимка Бин Ладена и других руководителей «Аль-Каиды», с тем что бы они предстали перед американским правосудием, а также противодействие деятельности других террористических организаций. Предполагается, что этих целей можно достичь при помощи экономических и военных санкций против государств, укрывающих террористов, а также при помощи резкого усиления средств разведки и глобального мониторинга. Непосредственно после терактов официальные лица правительства США[127] неоднократно заявляли о возможной причастности к атакам Саддама Хусейна; несмотря на то, что это мнение так и осталось неподтверждённым, оно сыграло значительную роль в формировании общественного мнения относительно вторжения в Ирак в 2003 году. Второй по величине операцией в рамках «Войны против терроризма» (и самой крупной из них, имеющей прямое отношение к терроризму, как таковому) стало свержение правительства «Талибана» в Афганистане международным альянсом, возглавляемым США. Соединённые Штаты не стали единственной страной, увеличившей интенсивность контртеррористических операций после 11 сентября, такими странами стали также Филиппины и Индонезия, имеющие собственные внутренние проблемы с радикальными мусульманскими организациями.[128][129]
После атак 11 сентября была впервые в истории задействована 5-я статья договора НАТО.

В отчёте этого расследования заключается, что огнеупорная защита основных стальных несущих конструкций башен ВТЦ была разрушена в результате первоначального воздействия попадания самолётов в здания, и что если бы этого не произошло, то башни, возможно, выстояли бы. Пожары ослабили конструкции, поддерживающие полы этажей, в результате чего полы прогнулись и осели. Прогибающиеся полы оказывали большую нагрузку на внешние колонны, которые прогнулись внутрь. Так как основные несущие колонны были повреждены пожаром, искорёженные внешние колонны не могли более удерживать здание, что привело к его разрушению. Кроме того, в отчёте утверждалось, что лестничные колодцы башен не были достаточно укреплены для того, чтобы обеспечить эвакуацию людей из зоны удара. NIST заявил, что окончательный отчёт по разрушению здания ВТЦ 7 будет опубликован отдельно.[133][134] Выводы отчёта были подтверждены университетом Purdue.[135]
Несмотря на то что были найдены возможности для усовершенствования, Джин Корли, руководитель расследования, прокомментировал, что в целом башни были спроектированы и построены очень хорошо.
«Наш отчёт указывает, что башни были удивительно хорошо построены», сказал Корли, «самолёты террористов не обрушили башен, это произошло в результате последовавшего пожара. Было доказано, что башни выстояли бы даже в случае повреждения двух третей поддерживающих колонн».[136]
Тем не менее, дополнительные усовершенствования огнеупорной защиты основных конструкций и укрепление лестничных колодцев являются одним из основных приоритетов в случае восстановления башен.